指标体系设计原则
预警涉及评价、预测等内容，指标体系设计时要考虑到总体数量的适当，以及能够最有效地表达食品安全预警的特征性、规律性和目标性。理想的指标体系可以参照系统相对最小型原则和相对完整性原则进行设计。
1.相对最小型原则
相对最小型是指标的总数量合理化精简到最少，形成一个最小集。可以通过主成分分析、权重排序等方式方法客观地精简掉那些权重微弱的指标、独立性差的指标和主观性较强的指标，使指标的数量在能够完成预警系统功能和准确程度的基础上，总数量最少。这样的集合既有利于降低分析计算的工作量，有利于加快指标分析速度。
实际上，此指标是可以替代、 分解或者综合的。如果污染推标可以分解为具体的污染种类，而且污染种类之间已经建立了相互的关联关系，那么，选取污染指标要比直接选择污染种类的数量少得多。有些指标本身是滞后反应的，如中毒死亡数据是食源性疾病发生之后才会出现的情况，如果以食源性疾病作为指标，中毒死亡率指标就可以不纳人体系。只要不会影响研究目的和结果的准确性，指标的替代和筛出对建立整个指标体系是有利的。
需要注意的是，在测量指标对于某个食品安全预警问题的影响时，是否可以筛出有时是很难决定的，因此，指标体系的最小型是相对面言的。
2.相对完整性原则
在总量相对最小的同时，要求指标体系还必须满足一定的完整性， 能够全面表达所考察的食品安全预警问题，指标表达的信息没有缺漏和遗失。对于静态指标和动态指标、宏观指标和微观指标、警情指标和警兆指标等应综合考虑，要配备合理、充分科学。
完整性也是相对而言的。由于食品安全预警系统的制度建设和机制运行害要不断加以完善，监测检测的技术水平和预警信息、数据的积累都是动态发展的，因此，有些指标对预警的贡献程度也会发生变化。需要适时调整。面且，绝对的完整既做不到，也没有必要。如关于食物对食源性疾病的影响，一些影响机理本身尚不成熟，所以，完整性只能是相对的。应在已有的相关研究的基础上，恰当地考虑研究问题所涉及的范畴，科学选择指标，以保障指标体系具有合理必要的完整性。
指标体系架构设计
构建系统架构时可以根据研究的需要设计为多级层次结构。系统层次结构表述了不同层次子系统之间的隶属关系或相互作用的关系， 不同的层次存在着不同的运动形式，从而构成系统的整体运动特性。用层次之间的表征方法既方便同层次之间的研究和比较，也有利于层与层之间的研究，使得复杂系统的关系清晰简捷，便于分析。
食品安全预警指标系统考虑为多层次多警情并列式的结构，系统构建为总体层、分类系统层、指标层和指数层4个等级。
(1)总体层表达的是国家或者地区(根据预警系统的预警范围界定)食品安全的总体警情程度，简称总体警度，代表着这个时期食品安全的总体状况和安全发展态势，指标就是食品安全总体警度。
(2)分类系统层根据总体层的预警目标设计分类子系统，如有学者将食品安全问题分成数量安全.质量安全和可持续安全，对应的预警系统层就分为数量预警系统。质是预警系统和可持续安全预警系统。鉴于我国食品安全监管的现状，从食品安全监管的大系统角度出发，尽址利用我国已经建设和正在建设的有关食品安全的数据库, 以及相关的研究成果，分类系统层可以按部门并列平行设置分类子系统。由于分类系统层是对预警目标的分解，所以也可以根据食品安全问题的特点和预警的功能特性设计。
分类系统层的每个子系统具有独立性质，代表着系统要描述的特定的状态、过程和变化的警情或警兆。
(3)指标层由表征分类子系统的主要特征要素组成。特征要素也称为指标，要求能够充分说明系统、表征系统，并尽可能准确反映系统警情状况。
(4)指数层是指具体的可以通过监测、检测而获取到的数值、信息，指数层对应于指标层。按照逻辑预警的思想，指数层具有景气警兆和动向警兆特性。
基于这样的架构设想。
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