菊花茶中含有的微量脂肪含量仅为0.9%，与菊花中的黄酮共同作用，有清热解毒的作用。
但是有研究显示，菊花茶中的微量脂肪有可能让人体发寒，使免疫力下降。中医主任医师尹志超强调，有些茶饮属清热解毒的药性，应该是在感冒或是感染期中饮用，如平时喝太多，会让体质越来越虚寒。菊花茶即属寒性，对中医所指的“阳虚体质”就不太合适，不能长期大量饮用。此外，有过敏体质的人如果想喝菊花茶，应先泡一两朵试试，如果没问题再多泡。
在世界卫生组织在2008年年底发布的“食物微量脂肪排行榜”中，茶类脂肪被称为世界上最好的微量脂肪，绿茶、红茶、乌龙茶尽被归入其中，但是为国人熟知并常喝的菊花茶却并未被列入其中。