牛奶在生产运输过程的各环节中都有可能受到结核杆菌、痢疾杆菌等有害菌群的污染，市场上的袋装牛奶普遍采用了巴氏灭菌法，但其瞬间灭菌也有可能不彻底，残留的细菌在适宜的温度下会继续繁殖成为致病源引起腹泻等症状，因此牛奶不宜生食，一定要煮沸后饮用。
如果直接加热会使牛奶产生蛋白质凝结，煮沸太久其中的磷酸钙就会由酸性变成中性而发生沉淀，乳糖也会因焦化而分解为乳酸和甲酸，从而使牛奶营养价值和色、香、味均有所降低。
喝牛奶不能空腹，空腹时肠胃蠕动快，大大缩短了牛奶在胃里的停留时间，不利于营养消化吸收，如果喝牛奶的同时吃一些馒头、面包等淀粉类食物就可以帮助人体充分吸收牛奶的丰富营养。当然选择在饭后用牛奶也会有异曲同工的效果。
此外， 红糖中的草酸会使牛奶蛋白质发生变性，引起消化功能失调，甚至阻碍铁等微量元素的吸收，从而发生“牛奶性贫血”。所以喝牛奶时不要加红糖，但可以适量加些白糖或冰糖调味。
值得注意的是饮奶后一个小时内不要吃水果或饮果汁，因为果汁成分往往会使牛奶中某些蛋白质在胃内凝固成块，使人体不易吸收。